El autoproclamado científico loco Okabe Rintarou vive en una pequeña habitación en Akihabara, donde inventa "artilugios del futuro" con sus compañeros de laboratorio Shiina Mayuri, su amiga de la infancia, y Hashida Itaru, un hacker otaku. Los tres pasan el tiempo jugando con su última creación, un "microondas de teléfono" que se puede controlar a través de mensajes de texto. Los miembros del laboratorio pronto se enfrentan a una serie de incidentes misteriosos que conducen a un descubrimiento que cambia las reglas del juego: el microondas del teléfono puede enviar correos electrónicos al pasado y, por lo tanto, alterar la historia.